#!/usr/local/bin/perl

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# Program     : getChromatogramInfo
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# Description : given SEL_chromatogram_id, return json object
#
# Terry Farrah
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# Basic SBEAMS setup
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use strict;
use FindBin;

use lib "$FindBin::Bin/../../lib/perl";


use File::Basename;
use Carp;

use vars qw ($sbeams $sbeamsMOD $q $current_contact_id $current_username
             $PROG_NAME $USAGE %OPTIONS $QUIET $VERBOSE $DEBUG $DATABASE
             $TABLE_NAME $PROGRAM_FILE_NAME $CATEGORY $DB_TABLE_NAME
             @MENU_OPTIONS);

use SBEAMS::Connection qw($q);
use SBEAMS::Connection::Settings;
use SBEAMS::Connection::Tables;
use SBEAMS::Connection::Permissions;

use SBEAMS::PeptideAtlas;
use SBEAMS::PeptideAtlas::Settings;
use SBEAMS::PeptideAtlas::Tables;
use SBEAMS::PeptideAtlas::Chromatogram;

$sbeams = new SBEAMS::Connection;


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# Define global variables if any and execute main()
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main();


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# Main Program:
#
# If $sbeams->Authenticate() succeeds, print header, process the CGI request,
# print the footer, and end.
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sub main {
  exit unless ($current_username = $sbeams->Authenticate(
      allow_anonymous_access=>1,
    ));

  #### Read in the default input parameters
  my %parameters;
  my $n_params_found = 
  $sbeams->parse_input_parameters(q=>$q,parameters_ref=>\%parameters);

  #### Process generic "state" parameters before we start
  $sbeams->processStandardParameters(parameters_ref=>\%parameters);

  my $apply_action  = $q->param('apply_action');

  my $json = processRequest(ref_parameters=>\%parameters);
  if  ($sbeams->output_mode() eq 'html') {
    my $header = "Content-type:text/x-json\n\n";
    $json = $header . $json;
  }
  print $json;

} # end main

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# processRequest
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sub processRequest {

  #### Process the arguments list
  my %args = @_;
  my $ref_parameters = $args{'ref_parameters'}
    || die "ref_parameters not passed";

  # Create a chromatogram object so we can use its methods
  my $cgram = new SBEAMS::PeptideAtlas::Chromatogram;
  $cgram->setSBEAMS($sbeams);

  my ($json_string, $foo) = $cgram->getChromatogramInfo($ref_parameters);
  return $json_string;

}