#!/usr/local/bin/perl 


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# Set up all needed modules and objects
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use strict;
use Getopt::Long;
use FindBin;

use lib qw (../../lib/perl);
use vars qw ($sbeams $sbeamsMOD $q $current_contact_id $current_username
             $PROG_NAME $USAGE %OPTIONS $QUIET $VERBOSE $DEBUG $DATABASE
             $TABLE_NAME $PROGRAM_FILE_NAME $CATEGORY $DB_TABLE_NAME
             @MENU_OPTIONS);
use DBI;
use CGI::Carp qw(fatalsToBrowser croak);
use POSIX;

use SBEAMS::Connection qw($q);
use SBEAMS::Connection::Settings;
use SBEAMS::Connection::Tables;

use SBEAMS::Oligo;
use SBEAMS::Oligo::Settings;
use SBEAMS::Oligo::Tables;

$sbeams = new SBEAMS::Connection;
$sbeamsMOD = new SBEAMS::Oligo;
$sbeamsMOD->setSBEAMS($sbeams);
$sbeams->setSBEAMS_SUBDIR($SBEAMS_SUBDIR);


#use CGI;
#$q = new CGI;


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# Set program name and usage banner for command like use
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$PROG_NAME = $FindBin::Script;
$USAGE = <<EOU;
Usage: $PROG_NAME [OPTIONS] key=value kay=value ...
Options:
  --verbose n         Set verbosity level.  default is 0
  --quiet             Set flag to print nothing at all except errors
  --debug n           Set debug flag

 e.g.:  $PROG_NAME [OPTIONS] [keyword=value],...

EOU

#### Process options
unless (GetOptions(\%OPTIONS,"verbose:s","quiet","debug:s")) {
	print "$USAGE";
  exit;
}

$VERBOSE = $OPTIONS{"verbose"} || 0;
$QUIET   = $OPTIONS{"quiet"} || 0;
$DEBUG   = $OPTIONS{"debug"} || 0;
if ($DEBUG) {
  print "Options settings:\n";
  print "  VERBOSE = $VERBOSE\n";
  print "  QUIET = $QUIET\n";
  print "  DEBUG = $DEBUG\n";
}


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# Set Global Variables and execute main()
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main();
exit(0);



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# Main Program:
#
# Call $sbeams->Authenticate() and exit if it fails or continue if it works.
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sub main {

  #### Do the SBEAMS authentication and exit if a username is not returned
  exit unless ($current_username = $sbeams->Authenticate(
    #connect_read_only=>1,
    #allow_anonymous_access=>1,
    #permitted_work_groups_ref=>['Proteomics_user','Proteomics_admin'],
  ));


  #### Read in the default input parameters
  my %parameters;
  my $n_params_found = $sbeams->parse_input_parameters(
    q=>$q,parameters_ref=>\%parameters);
  #$sbeams->printDebuggingInfo($q);


  #### Process generic "state" parameters before we start
  $sbeams->processStandardParameters(
    parameters_ref=>\%parameters);


  #### Decide what action to take based on information so far
  if ($parameters{action} eq "???") {
    # Some action
  }else {
    $sbeamsMOD->printPageHeader();
    print_javascript();
    handle_request(ref_parameters=>\%parameters);
    $sbeamsMOD->printPageFooter();
  }


} # end main


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# print_javascript 
##############################################################################
sub print_javascript {

print qq~
<SCRIPT LANGUAGE="Javascript">
<!--

//-->
</SCRIPT>
~;
return 1;
}

###############################################################################
# Handle Request
###############################################################################
sub handle_request {
  my %args = @_;
  my $SUB_NAME = "handle_request";

  #### Process the arguments list
  my $ref_parameters = $args{'ref_parameters'}
    || die "ref_parameters not passed";
  my %parameters = %{$ref_parameters};
print qq~
<h2>
<FONT COLOR="red">  
Move the grey box around...fascinating!
</FONT>
</h2>
<applet width=300 height=300 codebase="../../applets/Oligo/" code="TestApplet.class">
  ( <font color="red">You need to enable Java to see this applet.</font> )
</applet>
~;
  return;

} # end handle_request